Das Schulkonzept der St.-Franziskus-Schule stützt sich auf die „Kerncurriccula für Förderschulen mit dem Schwerpunkt Geistige Entwicklung" und auf den Erlass über die "Sonderpädagogische Förderung" des Landes Niedersachsen. Die St.-Franziskus-Schule ist eine staatlich anerkannte Förderschule mit dem Schwerpunkt "Geistige Entwicklung", die in freier Trägerschaft des Caritasverbandes für die Diözese Hildesheim e.V. geführt wird. Diese Rechtsstellung hat ihre Grundlagen in den §§ 139-167 des Niedersächsischen Schulgesetzes.
Einen hohen Stellenwert nimmt die religiöse Erziehung ein. Die St.-Franziskus-Schule in der Heimstatt Röderhof versteht sich als ein Angebot an Eltern, die für ihre Kinder eine im Glauben wurzelnde, am christlichen Menschenbild orientierte Bildung und Erziehung bejahen und wünschen. Die umfassende religiöse Erziehung bestimmt als Prinzip den Unterricht mit und prägt das Schulleben.

Die Tonarbeit im Eingangsbereich der St. Franziskus Schule, erstellt als Wandrelief nach einem Motiv von Prof. Paul König, zeigt den heiligen Franziskus in seiner von ihm so geliebten Schöpfung der "Mutter Erde".